Το Διοικητικό Συμβούλιο αποτελείται από δώδεκα μέλη και η θητεία του ανανεώνεται κάθε τρία χρόνια με εκλογές από τη Γενική Συνέλευση των Εταίρων.  Ο Πρόεδρός του είναι νόμιμος εκπρόσωπος τής Εταιρείας και τού Διοικητικού Συμβουλίου, προεδρεύει σε αυτό, καθώς και στις Συνελεύσεις, και έχει τη γενική εποπτεία τής διοίκησης τής Φ.Ε.

Το Διοικητικό Συμβούλιο σχεδιάζει και κατευθύνει όλο το εκπαιδευτικό έργο και τις πολιτιστικές και πνευματικές δραστηριότητες τής Εταιρείας. Ακολουθώντας τις γενικές προγραμματικές αρχές που εκτίθενται και εγκρίνονται από τη Γενική Συνέλευση, το Διοικητικό Συμβούλιο τής Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας καθορίζει τους στόχους και αποφασίζει για το όλο έργο των Σχολείων και τής Εταιρείας.

Πρόεδρος	ΓΕΩΡΓΙΟΣ ΜΠΑΜΠΙΝΙΩΤΗΣ. Καθηγητής τής Γλωσσολογίας τού Πανεπιστημίου Αθηνών, πρ. υπουργός Παιδείας.
Αντιπρόεδρος	ΣΤΥΛΙΑΝΟΣ ΠΑΤΕΡΑΚΗΣ. Επ. Αντιπρόεδρος Αρείου Πάγου
Γενικός Γραμματέας	ΙΩΑΝΝΗΣ ΠΑΡΑΣΚΕΥΟΠΟΥΛΟΣ, Καθηγητής τής Ψυχολογίας τού Πανεπιστημίου Αθηνών.
Σύμβουλος	ΣΩΤΗΡΙΟΣ ΓΚΛΑΒΑΣ, πρ. Πρόεδρος τού Παιδαγωγικού Ινστιτούτου.
Σύμβουλος	ΔΗΜΗΤΡΗΣ ΗΣΑΪΑΣ, Καθηγητής Αρχιτεκτονικής τού ΕΜΠ.
Σύμβουλος	ΧΡΗΣΤΟΣ ΔΟΓΑΣ, Δημοσιογράφος-Φιλόλογος
Σύμβουλος	ΔΗΜΗΤΡΙΟΣ ΚΟΡΡΕΣ, Καθηγητής τής Ιατρικής Σχολής τού Πανεπιστημίου Αθηνών.
Σύμβουλος	ΒΑΣΙΛΕΙΟΣ ΛΑΜΠΡΙΝΟΥΔΑΚΗΣ, Καθηγητής τής Αρχαιολογίας τού Πανεπιστημίου Αθηνών.
Σύμβουλος	ΔΙΚΑΙΟΣ ΛΕΒΑΚΟΣ, πρ. Γενικός Διευθυντής τού Υπουργείου Οικονομικών.
Σύμβουλος	ΙΩΑΝΝΗΣ ΣΑΚΕΛΛΑΡΙΟΥ, πρ. Πρόεδρος τού Νομικού Συμβουλίου τού Κράτους.
Σύμβουλος	ΕΥΑΝΘΗΣ ΧΑΤΖΗΒΑΣΙΛΕΙΟΥ, Καθηγητής Ιστορίας τού Πανεπιστημίου Αθηνών.
Σύμβουλος	ΧΑΡΑΛΑΜΠΟΣ ΧΡΥΣΑΝΘΑΚΗΣ, Καθηγητής τής Νομικής Σχολής τού Πανεπιστημίου Αθηνών.