Έργο τής Συμβουλευτικής-Ψυχολογικής Υπηρεσίας τής Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας είναι, κυρίως, η προαγωγή τής ψυχικής υγείας των παιδιών με την εφαρμογή των προγραμμάτων πρόληψης. 
Η Υπηρεσία λειτουργεί επιβοηθητικά στο έργο των Σχολείων, συνεργάζεται με τις Διευθύνσεις, τους εκπαιδευτικούς και τους γονείς, παρέχοντας συμβουλευτική και ψυχοκοινωνική στήριξη στους μαθητές των Σχολείων, ιδιαίτερα όταν το παιδί αντιμετωπίζει δυσκολίες στη μάθηση, τη συναισθηματική ανάπτυξη και τη συμπεριφορά.