Μεγάλη έμφαση δίνεται στην υποδομή για τη διδασκαλία των μαθημάτων που ανήκουν στον ευρύ χώρο των Φυσικών Επιστημών. Η εποπτική διδασκαλία, σε συνδυασμό με την εφαρμογή σύγχρονων διδακτικών μεθόδων, βοηθεί τους μαθητές τής πρωτοβάθμιας και τής δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης να κατανοήσουν σε μεγαλύτερο βάθος και με μεγαλύτερη ενάργεια έναν επιστημονικό χώρο που, κάτω από διαφορετικές συνθήκες, θα παρέμενε ένα θεωρητικό σχήμα χωρίς πρακτική διάσταση.

Σε όλα τα σχολικά συγκροτήματα τής Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας υπάρχουν ειδικά εργαστήρια προορισμένα για τη μελέτη των Φυσικών Επιστημών, στελεχωμένα από εξειδικευμένους παρασκευαστές και εξοπλισμένα με σύγχρονα όργανα, με μικροσκόπια, με προπλάσματα, με τους μοναδικούς για τα ελληνικά σχολικά δεδομένα πίνακες αλυσιδωτής αντίδρασης, καθώς και με εποπτικά μέσα για τη Φυσική, τη Χημεία, την Αστρονομία, την Αστροφυσική, την Ανθρωπολογία, τη Βοτανική, τη Ζωολογία, τη Βιολογία. Η ανανέωση των εποπτικών μέσων είναι συνεχής, ώστε να καλύπτονται οι πλέον σύγχρονες απαιτήσεις των φυσικών επιστημών.

Οι αίθουσες των εργαστηρίων διαθέτουν πλούσιο σχολικό εργαστηριακό εξοπλισμό (όπως γεννήτριες, αμπερόμετρα, βολτόμετρα, μετασχηματιστές, συσκευές ηλεκτρόλυσης, πηνία, μετρητή μήκους κύματος τού φωτός, διαθλασίμετρο, γεννήτρια ήχου, παλμογράφο, μικροσκόπια, θερμόμετρα ποικίλων τύπων, μηχανή εσωτερικής καύσης, υδραντλίες, ζυγούς σύγκρισης και σταθμά, τα οποία καλύπτουν τα αντίστοιχα κεφάλαια του Ηλεκτρισμού, Μαγνητισμού, Οπτικής, Ακουστικής, Βιολογίας – Ανθρωπολογίας, Θερμότητας, Μηχανικής τής ύλης τού μαθήματος τής Φυσικής), ενώ υπάρχουν επίσης ηλεκτρονικοί υπολογιστές, μηχανήματα προβολής, οθόνες, σύνδεση με το διαδίκτυο, ώστε να είναι δυνατή η χρήση τους κατά τη διάρκεια τού μαθήματος, σύμφωνα με τις σύγχρονες μεθόδους διδασκαλίας.

Στους χώρους των εργαστηρίων διοργανώνονται, με την ευκαιρία επιστημονικών επετείων, εκθέσεις με πειράματα και μελέτες των μαθητών για ζητήματα τού σύγχρονου κόσμου των φυσικών επιστημών, από τα οποία δεν απουσιάζει ο κοινωνικός προβληματισμός, όπως για το θέμα τής φωτορύπανσης.

Στα Σχολεία Εκάλης και Πατρών είναι εγκατεστημένα τηλεσκόπια παρατηρήσεων για το μάθημα τής Αστρονομίας. Με τη βοήθειά τους οι μαθητές παρακολουθούν τα σχετικά φαινόμενα και εφαρμόζουν τα εκπαιδευτικά προγράμματα τής Διεθνούς Αστρονομικής Ενώσεως.

Τέλος, ειδικά για τα φυσιογνωστικά μαθήματα, υπάρχουν θερμοκήπια και ενυδρεία καθώς και μέσα παρατηρήσεως φυσικών φαινομένων, σπάνια για σχολεία, ενώ οι σχολικοί κήποι, εκτός από χώροι παιχνιδιού και ξεκούρασης των μαθητών, τους δίνουν την ευκαιρία για πρακτική εξάσκηση στην καλλιέργεια των φυτών.